Здравствуйте, Иванов Сергей сергеивич!
нормально посмотреть что сколько места занимает можно из консоли:
cd /root
du --max-depth=1
и оно Вам покажет размер всех папок (в.т.ч скрытых).
"Смело чистить" лучше не надо, но если очень хочется, то в папке /tmp у Вас меньше всего шансов навредить (там почти 90% мусор, а остальное Вы, скорее всего, не сможете удалить)

Здравствуйте, Иванов Сергей сергеивич!

Для просмотра статистики использования диска есть команда du, например команда
du -c --max-depth=1 /root
покажет размер директорий и файлов в /root и подсчитает общий занимаемый объём.
например: ~/.local/share/Trash - это карзина, обычно она не пустая;~/.thunderbird - каталог почтового клиента, и там сохраняется почта с вложениями, что тоже может занимать много места.

В принципе, для работы системы каталог /home не критичен, и в директориях пользователей(домашних) можно смело всё удалять - там хранятся настройки программ, документы пользователя и т.д. (желательно оставить каталог ~/.ssh.)
Например, когда пользователь в настройках KDE перепорит всё, до чего доберется, я удаляю ~/.kde и при следующем логине KDE заново создаёт этот каталог с установками по умолчанию.

Можно удалить и сам домашний каталог, пользователь залогинится, но останеться "бездомным" со всеми вытекающими.