Здравствуйте, Наговицын Павел !
Пол-дня думал над этим вопросом.

Давайте вспомним про вещи, которые состоят из определенного кол-ва других вещей(6 патронов в обойме, 3 презерватива в пачке, 24 часа в сутках), и разберемся, вообще - почему "первый час" не называют "нулевым".
Для начала ответим себе - почему 21й век начинается с 2001 года, а не с 2000? Ответ - потому что второй ящик пива начинается с 13 бутылки, хотя бутылок в ящике 12.
Бутылка - она всегда есть, т.е. она как минимум одна. А вот часов может и не быть вообще, т.е. может быть ноль часов-ноль минут(полночь).

Соответственно - с какого часа начинается день? С первого. Т.е. время с 0-00 называется "в первом часе". В русском языке нет фразы 12 минут нулевого часа - просто так не говорят, не сложилось исторически, хотя теоретически, в этом есть своя логика. Смена суток у нас, слава Богу, раз в 24 часа, и проблему с произношением нулевого часа надо было решать - тем более, что слова "ноль" как цифры русские узнали значительно позже, чем слово "час" - раньше говорили "ничего".

- А почему тогда в 90-х годах = 90-2000, а первый час=0:00-1:00?
1. Вариант(сложный). Лично мне всегда в детстве резало слух - "12 минут второго" - не могу понять - это 14.12 или 13.12 - ведь говорят взрослые вроде про два часа, однако реально - о времени "час с копейками"... А потом я привык. А вот в случае с годами привыкать не надо - переходы через столетия - большая редкость, в отличии от суточных, и люди говорят - 80-е - и им не надо решать проблем, как назвать 0-10 года нашей эры - они их просто не называют в обиходе. Вы же не слышали фраз типа "я в Москву приехал в нулевых годах еще". Вот и упростили.
2. Вариант(простой) - первый час - это первый ЧАС, т.е. идет первый час суток. А 90-е года - это 90,91,92...99 ГОДА. Т.е. просто перечисление годов заменили более коротким написанием - 90е, 40е и т.д.

Здравствуйте, Наговицын Павел !
в девятом десятке