TrueCrypt уже умеет (качайте последнюю версию...) прятать свои и чужие файлы и папки по принципам тех самых пресловутых руткитов... то бишь сначала ещё докопаться надо, что что-то есть... Защита - простейшая, но, поверьте, LockFolder и иже с ними - ещё проще.
Комплимент вам, вы второй человек на моей памяти, который об этом задумался (о бэдах). Тогда я разожгу вашу паранойю и скажу, что если поставить шифрованный диск - он в конце концов рухнет сам, без всяких документированных причин и замечаемых сбоев - не смотря на все технологии и все документированные возможности железа по защите именно от таких сбоев - сектора пропадают...
Соответственно, диски рушатся. (Если мерять, то с каждого нового винчестера, попадавшегося мне в руки, в течении первых двух месяцев исчезает где-то по сектору в неделю, дольше - не было возможности тестить...)...
Один умный человек мне посоветовал неожиданное решение - собрать RAID из криптодисков. Но, увы, ни один мне известный криптодиск не настолько хорошо реализован, чтобы позволять создавать рэйд из шифрованных дисков средствами ОСи. Впрочем, я не пробовал последние версии ряда прог. Если встретите такие - дайте знать!