Здравствуйте, Павел Александрович Курохтин!
Пример помещения программы в автозагрузку в приложении.

Но некоторые антивирусы, если у них включена защита реестра, всегда будут ругатся на то, что программа хочет записать себя в автозагрузку. Программно с етим ничего поделать нельзя. Нужно или добавить программу в список доверенных приложений в антивирусе, или отключить защиту реестра.

Приложение:
procedure TMainForm.AutorunButtonClick(Sender: TObject);
var registr:TRegistry;
begin
try
registr:=TRegistry.Create;
registr.RootKey:=HKEY_LOCAL_MACHINE;
registr.OpenKey('Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run', false);

//Для записи в автозагрузку
registr.WriteString(Application.Title, D:\HotKey.exe)

//Для удаления с автозагрузки
// registr.DeleteValue(Application.Title);

registr.Free;
except
ShowMessage('Ошибка доступа к реестру!');
end;
end;