Наверное стоит подумать о создании массива для хранения этих файлов (например, $myfiles["users"] = "modules/users.php"), либо хранить их в виде констант (define("MYUSERS", "modules/users.php")). Подключать файл с этими переменными/константами в начале работы проекта.
Но вообще я бы порекомендовал заранее продумать структуру сайта, чтобы не требовалось столь коренных изменений в проекте
Еще как вариант - использование ЧПУ-ссылок, т.е. перенаправление пользователя из единой точки сайта (файл .htaccess и/или некий скрипт типа goto.php).