Ничего страшного нет в представлении декларации, если других продаж не было, то Вы имеете право на вычет 125000 рублей, а даже если и были, то Вы имеете право на вычет в размере фактических затрат (200000 рублей), так что налог в любом случае не добавится. А представление декларации обязательно в этом случае.
Налогового кодекса нет под рукой, но в главе Налог на доходы физических лиц есть порядок представления декларации и случаи, когда представлять декларацию не нужно.

Для того чтобы подтвердить право на имущественный налоговый вычет, нало¬гоплательщик представляет в налого¬вую инспекцию:
- договор на приобретение имуще¬ства;
- документы, подтверждающие факт уплаты денежных средств налогопла¬тельщиком по произведенным расхо¬дам: квитанции к приходным ордерам, банковские выписки о перечислении денежных средств со счета покупателя на счет продавца, товарные и кассовые чеки и другие документы.
В случае продажи имущества необхо¬димо заполнить налоговую декларацию по форме № 3-НДФЛ, бланки которой можно взять в налоговой инспекции (п. 3 ст. 80 НК РФ). В них необходимо отра¬зить все полученные налогоплательщи¬ком в календарном году доходы (п. 4 ст. 229 НК РФ). Данную декларацию можно также заполнить на сайте www.nalog.ru.
К декларации нужно приложить заяв¬ление об уменьшении суммы дохода от продажи:
1) на размер имущественного налого¬вого вычета;
2) на сумму документально подтвер¬жденных затрат с приложением указан¬ных документов.
Если плательщик претендует на вычет по продаже имущества, находящегося в собственности более 3 лет, необходимо также представить подтверждающие документы в налоговую инспекцию. Собранный пакет документов сдается в налоговую инспекцию по месту житель¬ства не позднее 30 апреля года, следу¬ющего за прошедшим.