Интересная статья, актуальная.
ИМХО, нагрузка на файловую систему менее критична, чем при запросах к БД. Но все же, по-моему более оптимально кэшировать сразу отдельные модули страницы, содержащие уже оформленные результаты запросов. Правда, в любом случае появляется проблема с точным определением пиковых нагрузок и времени жизни кэша. Если проект переживает регулярные "оверлоды", может, подумать об оптимизации самой БД (распределенность и т.д.)?
В любом случае интересно, что подумают участники Портала.