Здравствуйте, Сергей!
ст.108 ТК. Перерывы для отдыха и питания
В течение рабочего дня (смены) работнику должен быть предоставлен перерыв для отдыха и питания продолжительностью не более двух часов и не менее 30 минут, который в рабочее время не включается.
Время предоставления перерыва и его конкретная продолжительность устанавливаются правилами внутреннего трудового распорядка или по соглашению между работником и работодателем.
На работах, где по условиям производства (работы) предоставление перерыва для отдыха и питания невозможно, работодатель обязан обеспечить работнику возможность отдыха и приема пищи в рабочее время. Перечень таких работ, а также места для отдыха и приема пищи устанавливаются правилами внутреннего трудового распорядка.

Таким образом, предоставление перерыва - обязанность администрации.
В соответствие с ст.106 ТК Время отдыха - время, в течение которого работник свободен от исполнения трудовых обязанностей и которое он может использовать по своему усмотрению (не путать с ч.3 ст.108 - предоставление 30 минут для отдыха и приема пищи в рабочее время).
Должностная инструкция, это локальный нормативный акт, устанавливающий конкретные обязанности работника при выполнение его трудовой функции. ЛНА обязателен для работника при выполнение им своих трудовых обязанностей, а, как сказано выше, во время перерыва работник освобождён от их выполнения и вправе покидать рабочее место, следовательно, нарушить инструкцию, которая в это время не действует не возможно.
Если проблема в том, что во время перерыва тепловоз находиться там, где его оставить без надзора не возможно, то обязанность работодателя принять меры для исключения возможных негативных последствий. Предлагаю для исключения возможных конфликтных ситуаций, письменно обратиться к работодателю (желательно от имени профсоюза), и попросить его дать письменное разъяснение, как используется перерыв в этом случае. Работодатель вынужден будет либо учесть это как рабочее время (ч.3 ст.108 ТК - смотрите выше), либо бригада может покинуть тепловоз не боясь того, что работодатель предъявит к ней претензии.

Здравствуйте, Сергей!
Попытаюсь ответить очень просто.Что бы вам самим понять кто в данной ситуации прав, и нужно ли работодателю оплачивать время вашего обеда?Дело в том что ваш работодатель издавая приказ мог подойти к этому вопросу поверхностно,не вникая в нюансы,видя что ваш локомотив стоит во время обеда и не чего на его взгляд работники не делают.Вам нужно понять что именно от вас требует инструкция, в которой написано что покидать рабочее место нельзя.Т.е. вы как работник производите какие либо действия?, в обед связанные с обслуживанием локомотива или нет.Если вы что либо обязаны делать во время обеда,хотя бы смотреть за приборами или просто нести охрану локомотива, значит вы работаете и следовательно это оплачивается.