Здравствуйте, Jadd!

Это связано с тем, что одно и то же по составу вещество при разной конфигурации молекул по-разному вращает плоскость поляризации света. Буква L означает, что это левовращающий изомер. Правовращающие изомеры обозначают буквой D.
Фактически молекулы L и D изомеров выглядят как отражение друг друга в зеркале, поэтому этот вид изомерии еще часто называют зеркальной (другой термин - энантиомерной).
Физические свойства изомеров одинаковы (за исключением направления вращения плоскости поляризации света), химические одинаковы в реакциях оптически неактивными веществами.
Важность определения того, с каким оптическим изомером (его еще называют энантиомером) мы имеем дело, связана с тем, что химические свойства изомеров отличаются в реакциях с оптически активными веществами (белками, например, и многими другими сложными органическими молекулами), что особенно важно, например, для лекарственных препаратов. Иногда один изомер обладает фармакологическим действием, а второй - либо более слабо выраженным, либо действие вообще отсутствует.
Обычно многие химические вещества представляет собой рацемическую смесь этих изомеров в соотношении 50:50. Если же вещество содержит только левовращающий изомер, то к названию добавляют слева букву L, как в Вашем примере: L-валин.
Все аминокислоты, кроме глицина, имеют по 2 оптических изомера. Но (и до конца и по сей день не выяснено почему), в состав природных белков входят исключительно L-изомеры аминокислот. То есть понятно, что при синтезе каждой цепочки важно учитывать оптическую изомерию и использовать аминокислоты определенного вида, чтобы получить правильную конформацию белковых глобул, но вот почему в белках исключительно L-аминокислоты - загадка (в природе и даже в составе простейших пептидов полно D-аминокислот, но в белках - нет).

Если Вас интересует более подробная информация, то найти ее в Интернете <a href=http://www.google.ru/search?hl=ru&q=оптическая%20изомерия>не составит труда</a>.

Удачи Вам!