Здравствуйте, Макаров Сергей!
Ну да, считается, что пока смешанная реорганизация типа АО и ООО в ООО не допускается, а ИФНС отказывает в регистрации таких новых юрлиц.
Уставный капитал создаваемых в результате реорганизации обществ не может составлять меньше предусмотренного Законом минимума (10 000 руб.).
Поэтому преобразовать АО с уставным в 2 000 руб. без увеличения УК Вы не можете, то есть проблемы, конечно, будут.
Рекомендуем также увеличить УК до принятия решения о преобразовании АО в ООО (а не вместе с ним), затем преобразоваться в ООО, после - слияние.
О порядке реорганизации можно почитать:
Степанов Д. И. Формы реорганизации коммерческих организаций: вопросы законодательной реформы // ХиП. 2001. № 3. С. 64-74 и др.
При присоединнеии то же самое: считается, что нельзя присоединить АО к ООО (об этом Вам, как начинающему юристу, рекомендуем почитать: Шапкина Г.С. Новое в Российском акционерном законодательстве: Изменение и дополнение Федерального закона "Об акционерных обществах").
С уважением, before.

Здравствуйте, Макаров Сергей!
Хочу добавить к мнению коллеги, что увеличить уставный капитал советую путем увеличения номинальной стоимости акций а не путем доп эмисси акций. Так как такую возможность уставный капитал может и не предусматривать да и долго это и муторно. Как увеличить номинальную стоимость акций можно прочитать в главе 5 ПРИКАЗА ФСФР РФ от 16.03.2005 N 05-4/пз-н "ОБ УТВЕРЖДЕНИИ СТАНДАРТОВ ЭМИССИИ ЦЕННЫХ БУМАГ И РЕГИСТРАЦИИ ПРОСПЕКТОВ ЦЕННЫХ БУМАГ", затем сможете, обменять акции на доли ООО (это пункт 8.8. там же).