Здравствуйте, fridge!
Я немного переделал. Посмотрите комментарий.
[code h=200]
/**
Дано целое число L (> 0) и целочисленный массив размера N.
Заменить каждую серию массива, длина которой равна L,
на один элемент с нулевым значением.
Серия — группа подряд идущих одинаковых элементов.
Длина серии — количество этих элементов (может быть равна 1 */

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <time.h>

void remove_series(int *a, int *size, int *end, int lenght);

int main()
{
srand(time(NULL));

printf("Input array size: ");
int n; scanf("%d", &n);

int *a = (int*)malloc(n * sizeof(int));
int i,j;

for(i = 0; i < n; i++)
{
a[i] = (rand() % 9) + 1; //Пусть числа будут [1;9], чтобы 0 был только для замены
printf("%d ", a[i]);
}
printf("\nInput seria lenght: ");
int l; scanf("%d", &l);
int lenght;
i=0;
while(i < n) //по всем числам, количество одинаковых может быть и 1,
{ // поэтому просматриваем до последнего
lenght=1; //считаем текущего первым в последовательности равных
for(j=i+1; j<n; j++) //со следующего
{
if(a[i] == a[j])
lenght++; //считаем одинаковые
else
break; //встретился отличный
}
if (lenght == l) //нужное количество?
remove_series(a, &n, &i, lenght); //заменяем последовательность нулем
else
i+=lenght; //иначе - сдвигаем индекс на количество просмотренных одинаковых,
// количество которых отлично от заданного
}

printf("\nNew array\n");
for(i = 0; i < n; i++)
{
printf("%d ", a[i]);
}

printf("\n"); //перевод строки
free(a); //освобождаем память!

system("pause");
return 0;
}
void remove_series(int *a, int *size, int *end, int lenght)
{
a[*end] = 0; //на место текущего ставим 0
if(lenght>1) //если один,то сдвигать не требуется
{
int i;
for(i = *end + 1; i < (*size)-1; i++) //сс следующего до предпоследнего
a[i] = a[i+1]; //сдвигаем на один в начало
*size -= lenght-1; //количество уменьшим на число одинаковых -1 (т.к. остается 0)
a = (int*)realloc(a, *size * sizeof(int));
}
*end += 1; //по-любому, индекс сдвигаем на 1 дальше
}
[/code]