Мучался с этим долго, но лучшего решения, чем перезагрузка диспетчера очереди печати по расписанию, не нашел:(
А потом и надобность отпала вместе с терминальным сервером.

Немножко не по теме.
Я пользуюсь Simplify Printing (http://file.qip.ru/file/103512814/1fb1693e/Simplify_Printing.html).
Преимущество программы в том что ненужно устанавливать драйвера на сервер и подключаются самые капризные принтера.

P.S. Это клиент серверная программа сервер устанавливаем на терминальный сервер, клиент устанавливаем пользователям.

Выскажу свое мнение, может будет полезно
Опыта общения с принт-серверами нет, но с сетевыми принтерам сталкивался.
1. Фраза "В клиенте подключения к удалённому рабочему столу установлена галочка "Переносить локальные принтеры"." настораживает. Можно поинтересоваться, с какой целью вы ее поставили, если принтер установлен на сервер? У меня с этой галочкой сплошные проблемы. При каждом входе в терминал принтеры клонируются как зайцы весной.
2. Насколько знаю, есть по-крайней мере две версии терминального клиента. Более новая была включена в поставку SP3 для WinXP. Эта версия мне категорически не понравилась из-за настроек и установив более старую, с удивлением через некоторое время заметил, что пропали периодические проблемы с подключением клиентов. Было ли это из-за более новой версии, утверждать не берусь, не обратил на это должного внимания.
3. В журнале работы системы есть ли какие-нибудь сообщения про этот принтер, когда он пропадает? Каков период стабильной работы принтера до пропадания? Если ли какие-нибудь корреляции со временем дня или днем недели (нагрузка на сервер)? Сколько пользователей одновременно могут этот принтер использовать?

Dipauler:
галочну надо снять

VolRus:
Раньше, имея Windows Server 2000, использовал Screw Drivers. Перейдя на Windows Server 2003, хотелось бы избежать использования дополнительных программ.
К тому же данная программа является платной, что отнюдь не порадует начальство.

Zerkon:
Спасибо за самый полный на данный момент ответ.
1) Принтер на сервере не подключён. Установлены только его драйвера. У меня в компании много офисов, больше 20 принтеров, поэтому на сервере установлены только их драйвера, чтобы пользователи не путались, видя в 1С длинный список принтеров. Именно поэтому и установлена данная галочка в настройках клиента.
2) Эти пользователи вроде как используют старую версию клиента подключения к удалённому рабочему столу. Наверное, стоит попробовать установить новый клиент. Может быть это что-нибудь и даст. Но мне кажется, что проблема скорее в терминальном сервере.
3) В журнале сервера нет никаких сообщений. В последнее время принтер пропадает один раз в день. Обычно в первой половине дня. Используют этот принтер всего 3 человека. Нагрузка на сервер всё время примерно одинаковая.

Попробуйте все-таки с галочкой проверить
У меня все принтеры тоже подключены к локальным компам. Принтеры открыты в общий доступ, на каждом таком компьютере заведена учетная запись "Принтер", по которой к нему подключаются другие пользователи. Этой учетной записи разрешен доступ к постановке в очередь печати задания и его удаления. К серверу они подключены по сети, драйвера установлены только под учеткой админа. В терминальном подключении каждого, кто работает с 1С, настроен список необходимых ему принтеров (куда ближе идти или от нагрузки на принтер). А эта галочка приводит к тому, что при каждом подключении на сервере появляется куча доступных принтеров и народ в ошалении хлопает глазами, не решаясь выбрать какой-то один
К сожалению, с настройкой сервера помочь не смогу. Сам с таким не сталкивался, а теоретических познаний не хватает