Здравствуйте, Уманский Денис.
Поскольку в рассылке по видео высокого разрешения Вам никто не спешит на помощь, перенес вопрос обратно. Не знаю, решили ли Вы проблему, но я провел эксперимент: были сделаны два файла с параметрами, близкими к параметрам Ваших файлов. Их удалось склеить программой
Boilsoft Video Joiner 5.32 - быстро и без перекодирования. Правда, с двумя оговорками: работа выполнялась в Windows XP и в итоговом файле перед склейкой около двух секунд нет звука, но, возможно, это издержки того, что файлы были сделаны из HD MPEG. Попробуйте, возможно у Вас этой проблемы не возникнет.
Желаю удачи!