Границ между файлами не существует. Есть две таблицы FAT - основная и резервная.
Если Ваша программа повредила только одну, тогда данные восстановит простой chkdsk, если же обе, тогда никак.
Если в программе есть какой-нибудь способ отката внесенных изменений, то его надо найти.