Господа, да вы что?..
Ведь то, что существует мн.ч., ещё не значит, что в ед.ч. именно "одна штука". Подобно тому, как есть сольенье и соленья, но ведь нельзя сказать, что один солёный огурец - это одно соленье, а два огурца - это уже два соленья. Соленья - это когда и огурцы, и грибы (да в разных баночках)... Слова аналогичны потому, что происходят от способа приготовления - печенье, потому что пекут, соленья, потому что солят. Есть ещё варенье, но там уже нет штук
Так вот. Когда ед.ч. означает одну штуку - сушка, пряник, конфета, круассан - на упаковках всегда пишут "сушки", "пряники" и т.д. А на упаковке печенья всегда написано "печенье". К чему бы это?..
И если обратиться к gramota.ru, то там написано "печенье - кондитерское изделие из небольших кусочков теста". Заметьте, из кусочков, а не из кусочка.
А ответа на вопрос я не знаю. Словари почему-то об этом не пишут. Сам всегда пользуюсь "печенюшкой"...