Здравствуйте, Muxa!
По первому вопросу: именно IFO файлы и содержат информацию о том в каком месте VOB-а начинается тот или иной фрагмент. Так что придется импортировать VOB-ы в NeroVision и бить на разделы вручную. Но процесс транскодировани не займет много времени (минут 5-7), поскольку исходный файл уже записан в mpeg2(DVD).
По второму: Для подобных задач есть программа DVDLab Pro. Довольно мощный продукт для создания стандартных (проигрываемых на всех типах бытовых DVD плейерах) DVD дисков. Ждать по несколько часов придется - издержки транскодирования). Чем быстрее процессор - тем меньше время
И рекомендую почитать ссылку в приложении. Если что - пишите в личку. Удачи!
Приложение:
http://www.ixbt.com/divideo/dvdlabpro.shtml