Здравствуйте, Svn!

Вот что пишут на <a href=http://www.nu2.nu/pebuilder/faq>родном сайте</a>:
Для старых версий:
Запустите PE-Builder и убедитесь что плагин "BartPE Harddisk Installer" включен.
Зайдите в папку plugin\pehdinst и выполните pehdinst.cmd <путь>, где <путь> - путь к выходной папке PE Builder (по умолчанию c:\pebldr). Выберите вариант "1" для установки рядом с уже существующей ОС.
После выполнения скрипта перезагрузите компьютер и выберите пункт "Boot BartPE (by PE Builder)" из меню загрузки.

В более поздних версиях pehdinst был изменен на peinst (PE Builder v3.1.3 и выше).
Вот инструкция как пользоваться им:
Запустите PE-Builder.
После выполнения перейдите в папку <pebuilder>\plugin\peinst и выполните "peinst.cmd <путь> c:" где <путь> - выходная папка PE Builder (по умолчанию <pebuilder>\BartPE).

Выберите пункт "5) Install BartPE to c:" и "2) Install PE-loader in c:\boot.ini".
При этом в загрузочное меню добавится пункт для загрузки BartPE. Это нужно сделать только один раз, в следующий раз (при повторной установке) это действие можно будет пропустить.
Выберите пункт "5) Install BartPE to c:" и "1) Install BartPE files to c:".
При этом BartPE установится в c:\minint и c:\programs.

После успешного завершения peinst.cmd перезагрузитесь и выберите "Boot BartPE (by PE Builder)" из загрузочного меню.