Здравствуйте, Гришин Денис Васильевич!
УРБД очень беден настройками. Это надежное средство синхронизации баз "один-в-один" и все. Единственное, что можно сделать, что бы документы выгружались в зависимости от разделителя учета - это воспользоваться функцией РегистрацияИзменений, позволяющей включать или выключать регистрацию изменений в УРБД при, например, записи документа. Но при этом нельзя будет выгружать один раз, например, по одному разделителю учета, другой раз - по другому. Объект (документ или справочник) либо включается в обмен УРБД, либо нет, если включается - распространяется по распределенной базе данных в соответствии с указанными для него в конфигураторе параметрами миграции.

Приложение:
РегистрацияИзмененийСинтаксис:РегистрацияИзменений(парам)Параметры: Парам (число) 1 - регистрировать изменения, 0 - не регистрировать изменения. Если параметр не указан, то регистрация не изменяется.Назначение: Включить или выключить регистрацию изменений для конкретного объекта.Замечание1 Особенность вызова данного метода - он действует с момента своего вызова и до перепозиционирования объекта. Его нужно вызывать после позизионирования объекта, но до записи изменений. После следующего позиционирования объекта режим снова будет установлен в соответствии с режимом, выбранном в метаданных (т.е. установленный для предыдущего позиционирования режим сбрасывается).Замечание2 Метод РегистрацияИзменений доступен только для объектов типа "Справочник" и "Документ", созданных функцией "СоздатьОбъект".Возврат: Число - 1 - да, регистрация производится. 0 - нет. Возвращается установленный до ее вызова режим.Пример:Док = СоздатьОбъект("Документ.НазваниеДока");Док.ВыбратьДокументы("‘01.01.2002‘/‘01.07.2002‘");Пока Док.ПолучитьДокумент()=1 Цикл // запрещаем регистрацию изменений // т.е. внесенные нами изменения останутся только в одной базе Док.РегистрацияИзменений(0); // изменяем чего надо Док.Записать();КонецЦикла;