Здравствуйте, Cahes!
Полагаю, что при оптимальном сочетании скоростей газа и воды будет одинаковым: он определяется площадью теплопроводящих поверхностей, разностью температур, и скоростью более горячего потока (чем она выше, тем меньшее число молекул успеют передать энергию).

В общем случае
- "паровоз": концентрация мощности в ущерб КПД.
- "змеевик" (Ваш второй случай) - наоборот.

Шума будет меньше во втором случае - жидкостная рубашка лучше поглощает шумы (при случае сравните шум, к примеру, дизеля воздушного и водяного охлаждения - разница существенная)

L.b.s.
Здравствуйте, Cahes!
Сперва немного терминологии:
Котлы бывают газотрубные и водотрубные. В первом случае по трубам идет газ, во втором - вода. Газотрубные котлы бывают с жаровыми трубами (когда несколько больших) и с дымогарными трубами (много маленьких).

Так вот водотрубные считаются эффективнее.
Правда я не очень понимаю, что Вы подразумеваете под КПД, в данном случае.
Что же касается шума, он, я думаю, будет создаваться насосами и топкой, а не течением жидкостей.
Удачи!

Не знаю, подойдет ли Вам такой ответ. Насколько помню, в свое время была статья в "Кванте" по передачи тепла от горячей трубы к холодной (№60, задача 2.18; и статья кажеться в выпуске "физика в стакане"). Результат интересный - максимальный КПД будет при коаксиальном соединении труб, в которых вода пущена с противоположных сторон. К примеру, в случае отопления дома воздух, входящий в дом проходил по внешней трубе, а воздух выходящий из дома - по внутренней. При достаточно длинных трубах передача энергии была близка к 100% (на выходе из дома - холодный воздух, на входе в дом - воздух комнатной температуры).