Здравствуйте, Нагорный Виктор Борисович!
Ситуация, конечно, оригинальная. К тому же сложно говорить, не зная позицию нотариуса.
Представляется, что о юридическом принятии наследства говорить не приходится, поскольку "принятие наследства осуществляется подачей ... нотариусу ... заявления наследника о принятии наследства..." (п. 1 ст. 1153 ГК РФ).
Вместе с тем, думается, Вы очевидным образом выразили свою волю на принятие наследства, поэтому вполне допустимым было бы применение правил о фактическом принятии наследства по п. 2 ст. 1153 ГК РФ, тем более, что перечень определенных в данной норме фактических действия не является исчерпывающим.
Поскольку данный вопрос о выдаче свидетельства при фактическом принятии наследства решает нотариус, представляется верным, если бы нотариус без особых проблем выдал свидетельство, поскольку для него очевидно было Ваше намерение юридически принять наследство в срок, к тому же он и сам "забыл" про заявление.
В случае отказа нотариуса, обращайтесь в суд с заявлением об установлении факта принятия наследства по правилам гл. 28 ГПК РФ.
С уважением, before.

Приложение:
Статья 1153. Способы принятия наследства1. Принятие наследства осуществляется подачей по месту открытия наследства нотариусу или уполномоченному в соответствии с законом выдавать свидетельства о праве на наследство должностному лицу заявления наследника о принятии наследства либо заявления наследника о выдаче свидетельства о праве на наследство.Если заявление наследника передается нотариусу другим лицом или пересылается по почте, подпись наследника на заявлении должна быть засвидетельствована нотариусом, должностным лицом, уполномоченным совершать нотариальные действия (пункт 7 статьи 1125), или лицом, уполномоченным удостоверять доверенности в соответствии с пунктом 3 статьи 185 настоящего Кодекса.Принятие наследства через представителя возможно, если в доверенности специально предусмотрено полномочие на принятие наследства. Для принятия наследства законным представителем доверенность не требуется.2. Признается, пока не доказано иное, что наследник принял наследство, если он совершил действия, свидетельствующие о фактическом принятии наследства, в частности если наследник:вступил во владение или в управление наследственным имуществом;принял меры по сохранению наследственного имущества, защите его от посягательств или притязаний третьих лиц;произвел за свой счет расходы на содержание наследственного имущества;оплатил за свой счет долги наследодателя или получил от третьих лиц причитавшиеся наследодателю денежные средства.Глава 28. УСТАНОВЛЕНИЕ ФАКТОВ, ИМЕЮЩИХЮРИДИЧЕСКОЕ ЗНАЧЕНИЕСтатья 264. Дела об установлении фактов, имеющих юридическое значение1. Суд устанавливает факты, от которых зависит возникновение, изменение, прекращение личных или имущественных прав граждан, организаций.2. Суд рассматривает дела об установлении:1) родственных отношений;2) факта нахождения на иждивении;3) факта регистрации рождения, усыновления (удочерения), брака, расторжения брака, смерти;4) факта признания отцовства;5) факта принадлежности правоустанавливающих документов (за исключением воинских документов, паспорта и выдаваемых органами записи актов гражданского состояния свидетельств) лицу, имя, отчество или фамилия которого, указанные в документе, не совпадают с именем, отчеством или фамилией этого лица, указанными в паспорте или свидетельстве о рождении;6) факта владения и пользования недвижимым имуществом;7) факта несчастного случая;8) факта смерти в определенное время и при определенных обстоятельствах в случае отказа органов записи актов гражданского состояния в регистрации смерти;9) факта принятия наследства и места открытия наследства;10) других имеющих юридическое значение фактов.Статья 265. Условия, необходимые для установления фактов, имеющих юридическое значениеСуд устанавливает факты, имеющие юридическое значение, только при невозможности получения заявителем в ином порядке надлежащих документов, удостоверяющих эти факты, или при невозможности восстановления утраченных документов.Статья 266. Подача заявления об установлении факта, имеющего юридическое значениеЗаявление об установлении факта, имеющего юридическое значение, подается в суд по месту жительства заявителя, за исключением заявления об установлении факта владения и пользования недвижимым имуществом, которое подается в суд по месту нахождения недвижимого имущества.Статья 267. Содержание заявления об установлении факта, имеющего юридическое значениеВ заявлении об установлении факта, имеющего юридическое значение, должно быть указано, для какой цели заявителю необходимо установить данный факт, а также должны быть приведены доказательства, подтверждающие невозможность получения заявителем надлежащих документов или невозможность восстановления утраченных документов.Статья 268. Решение суда относительно заявления об установлении факта, имеющего юридическое значениеРешение суда по заявлению об установлении факта, имеющего юридическое значение, является документом, подтверждающим факт, имеющий юридическое значение, а в отношении факта, подлежащего регистрации, служит основанием для такой регистрации, но не заменяет собой документы, выдаваемые органами, осуществляющими регистрацию.