Различия есть.

Хотя бы в том, что в файловом варианте запросы выполняются дольше, иногда в разы. На SQL быстрее.
Выборку справочника в файловом варианте оптимальнее делать перебором элементов, т.к. запрос долго работает, а в варианте SQL - для перебора справочника лучше использовать запрос.

Немного различаются процедуры установки и резервного копирования.

Посмотрите в синтакс-помощнике, есть описание метода ВключитьSQL? Напишите сюда.
Вот я не помню - это стандартный механизм или из какой-то надстройки, вроде 1C++...

---

Добавил:
Вспомнил, что это недокументированная возможность, нашел на "запылившейся полке" у себя в документах. Нестабильно работает на старых релизах, пишут, что на 7.70.027 работает стабильно.

ВключитьSQL
Синтаксис:
Объект.ВключитьSQL(парам)

Параметры:
Объект - объект типа Запрос или Регистр. Парам - число 0 или 1.
Назначение:
(По объяснению Winter-а) включает или выключает обработку запросов, с использованием SQL технологий или по более простому варианту.
Замечания:
Немного статистики (опять таки по Winter-у)
Время выполнения запроса
Запрос.ВключитьSQL(1) -> 5.5 сек.
Запрос.ВключитьSQL(0) -> 49.5 сек
Сей метод нашел Шаров, к единому мнению не пришли (это только для SQL баз или и на ДБФ работает).

вопросы был в чем различия с точки зрения программирования, а не скорости или режимов работы... а с чего вы взяли, что в файловом варианте быстрее работает перебор справочника, чем запрос, я вообще ума не приложу

Почему Вы обижаетесь?

вопросы был в чем различия с точки зрения программирования

Выборку справочника в файловом варианте оптимальнее делать перебором элементов, т.к. запрос долго работает, а в варианте SQL - для перебора справочника лучше использовать запрос.

а с чего вы взяли, что в файловом варианте быстрее работает перебор справочника, чем запрос, я вообще ума не приложу

да вот... стрельнуло мне в голову...

Давно еще замерял в отладчике, кстати, на предмет как раз этого вопроса - на справочнике в 300 элементов перебор сработал быстрее, чем запрос. На справочнике в 18 тысяч обычный прямой перебор и такая же выборка запросом по времени были почти наравне. А вот если надо было выбрать элементы справочника по нескольким условиям - перебрать несколько групп по списку, отбор по реквизитам справочника - тут запрос на SQL сработал быстрее, чем в файловой базе и значительно быстрее, чем перебор.

По документам и регистрам - не помню точно, по-моему, нас это не устроило и на SQL переходить не стали. Или по другой причине - давно это было, в 2003 году.

P.S. "Вы" в данном случае пишется с большой буквы - уважительное обращение к конкретному человеку, "вы" с маленькой буквы - обращение к нескольким людям. Так регламентируют правила портала.
Иначе - на "ты".

я не обижаюсь, просто ваши дополнения не по теме... я думаю это очевидно всем, кроме, может быть, ВАС

PS: ради ВАС я слово ВАС могу написать всё большими буквами, мне не жалко