Проблема заключается в том, что операционные системы Windows XP и, особенно, Windows Vista являются самонастраивающимися и обладают такой замечательной функцией, как динамическая подстройка (динамический тюнинг) под различные сценарии использования приложений. С точки зрения обычного пользователя, данная функция является очень полезной, однако при тестировании производительности системы она негативно сказывается на стабильности результатов тестирования, что следует учитывать.

Windows XP
Самонастройка ОС Windows XP происходит всякий раз при инсталляции и запуске нового приложения. Именно поэтому результаты тестирования, полученные после первого запуска теста, и результаты того же теста, полученные через день при последующих запусках на том же самом компьютере, могут существенно различаться — в силу самонастройки операционной системы результаты, полученные позднее, будут выше.

Под динамической самонастройкой операционной системы Windows XP понимаются такие функции, как:
оптимизация размещения файлов на жестком диске (Disk Efficiency Optimizations);
оптимизация загрузки операционной системы (Boot Prefetching);
оптимизация загрузки приложений (Application-Launch Prefetching).

Оптимизация размещения файлов на жестком диске
Физическое размещение файлов на жестком диске может оказать ощутимое влияние на производительность системы. Операционная система Windows XP постоянно наблюдает за сценарием доступа к файлам на жестком диске и раз в три дня в фоновом режиме производит оптимизацию размещения файлов, чтобы ускорить доступ к ним. Информация о наиболее часто используемых файлах сохраняется в директории операционной системы в папке Prefetch (%windir%\Prefetch), а просмотреть, какие файлы подлежат оптимизации размещения на жестком диске, можно в файле %windir%\Prefetch\Layout.ini, открыв его в текстовом редакторе.

Оптимизация размещения файлов заключается в том, что наиболее часто применяемые файлы размещаются, во-первых, вместе, а во-вторых, на краю диска (пластины), что обеспечивает более быстрый доступ к ним и тем самым увеличивает общую производительность системы. Напомним, что такие характеристики, как время доступа, время выборки и скорость линейного чтения (записи), зависят от физического местоположения данных на пластине жесткого диска.

Оптимизация размещения файлов на жестком диске становится особенно актуальной при применении больших по объему жестких дисков.

Отметим, что оптимизация размещения файлов на жестком диске, периодически производимая Windows XP в фоновом режиме, не подменяет собой процедуру дефрагментации. Поэтому периодическая необходимость в дефрагментации жесткого диска остается актуальной. При использовании встроенного в операционную систему дефрагментатора оптимизированная структура размещения файлов не нарушается.

Оптимизация загрузки операционной системы
Оптимизация загрузки операционной системы (Boot Prefetching) приводит к тому, что повышается скорость загрузки операционной системы. В данном случае операционная система отслеживает все файлы, которые требуются для загрузки операционной системы, и оптимизирует их размещение на жестком диске. Кроме того, в процессе загрузки операционной системы осуществляется предвыборка требуемых данных в оперативную память, то есть в оперативную память заранее загружаются данные, к которым предположительно будет требоваться доступ. Важно отметить, что процедура Boot Prefetching начинается только после третьей перезагрузки операционной системы, когда накоплено достаточно информации для проведения оптимизации размещения файлов.

Оптимизация загрузки приложений
Оптимизация загрузки приложений (Application-Launch Prefetching) мало чем отличается от процедуры оптимизации загрузки операционной системы. Смысл ее заключается в том, что операционная система Windows XP отслеживает все данные, используемые запускаемыми приложениями, и оптимизирует их размещение на жестком диске, а также реализует предвыборку этих данных для упреждающей загрузки в оперативную память. Отметим, что при первом запуске приложения предвыборка данных не осуществляется. Именно поэтому если речь идет о тестовом приложении (бенчмарке), то первый запуск теста демонстрирует, как правило, более низкие результаты, чем все последующие.

Стандартный монитор всего не покажет. Настоятельно рекомендую воспользоваться именно оригинальным Process Explorer от Марка Руссиновича.
scvhost это не процесс, а контейнер процессов
Столкнулся с такой же проблемой ещё на бэте. При запуске Resource Monitor отследил, что так же процесс System и svhost активно обращается к жёсткому диску. НО! при раскрытии пункта Disk Activity отследил, что обращение к жёсткому диску активно использует файл, относящийся к службе Superfetch. Которая, если я ничего не путаю, "Maintains and improves system performance over time" - постоянно пишет данные о производительности системы. Отключив данную службу, я получил 1. прекращение постоянного мигания индикатора обращения к жёсткому диску 2. увеличение скорости работы.