Здравствуйте, Евгений Евгеньевич.
Вы немного путаете понятия:

chkdsk - Проверяет состояние диска и выводит отчет. Может также исправлять ошибки диска. Отчет о состоянии показывает логические ошибки, найденные в файловой системе, содержащиеся в таблице распределения файлов и каталогах (CHKDSK не проверяет возможность считывания информации в ваших файлах). При наличии ошибок на диске выводится соответствующее сообщение.

CRC - Cyclical Redundancy Check - Контроль с помощью циклического избыточного кода. Способ контроля целостности данных при их передаче и хранении. При помощи специального алгоритма вычисляется контрольная сумма пакета данных, которая передается вместе с ним. Алгоритм расчета контрольной суммы определяется используемым протоколом передачи данных. Принимающее устройство повторно вычисляет контрольную сумму пакета данных. Несовпадение рассчитанной и принятой контрольной суммы расценивается как ошибка передачи данных, при этом, как правило, принимающее устройство производит запрос повторной передачи ошибочного пакета.

2. CRC файл, там где он используется, может иметь такой вид:
filename=*.*
size=14649520
crc32=8AD1926E

Как я понял вы хотите проверить файлы хранящиеся у вас на жестком диске, но даже если использовать пециализированный софт, то ему нужно будет с чем то сверятся. Другое дело если вы скачали файл с интернета и хотите проверить его на целостность то вам может помочь программка HashTab программка бесплатная и интегрируется в проводник и при нажатии свойств любого файла добавляется новая вкладка : Контрольные суммы или File Hashes.
Например:
Качаете вы образ установочного диска операционной системы, любой, раздающий вам пишет MD5 образа с целью чтоб вы смогли убедиться после скачки, что образ скаченный вами совпадает с образом раздающего на 100%.

Если предположим вашу программу или файл "побил" вирус, то вы никак не определите целостность программы кроме как непосредственного запуска этой программы после чего скорей всего вам выскочит сообщение об ошибке.

Здравствуйте, Евгений Евгеньевич.
По системным файлам:

В данной статье описывается средство проверки системных файлов (Sfc.exe), представляющее собой программу, запускаемую из командной строки и используемую совместно с механизмом защиты файлов Windows.
Параметры запуска программы Sfc
Sfc [/Scannow] [/Scanonce] [/Scanboot] [/Revert] [/Purgecache] [/Cachesize=x]

Запускайте из командной строки: "Пуск – Выполнить - cmd - sfc /scannow
Обычно потребуется инсталляционный диск с операционной системой + с интегрированной SP2.
Если компакт CD скопирован на HDD, то можно указать путь к файлам, внеся изменения в реестр. Запустите редактор реестра (Пуск - Выполнить - regedit), перейдите к ключу
Код:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Setup и измените параметер SourcePath, указав соответствующий путь.

А это актуально, то есть для Windows 7 - Цифровые подписи в Windows 7

Также можете попробывать - SpeedySFV позволяет вам проверять целостность файлов используя CRC32 контрольную сумму.

Неплохой помощник в этом у Вас есть, это антивирус и его действия по проверке файлов с сохранением в своей базе состояния файла.

И кстати, особенно после деструктивных действий вируса полезно и нужно использовать утилиту AVZ Думаю, без этого не обойтись, довольно подробно в материалах на сайте тут или начните от автора с назначения программы AVZ. Особенно обратить внимание на обновление базы программы AVZ и функцию исследования и восстановление системы.

Для сохранения целостности своих данных используйте бекап: архивация ценной информации и дистрибутивов в архив на внешние носители. Так сказать: "Подальше положишь - поближе возьмёшь!"

Здравствуйте, Евгений Евгеньевич.

chkdsk проверяет CRC у файлов

Нет, не проверяет. Контрольная сумма (CRC) обычно используется для контроля целостности при передаче данных (путем вычисления CRC для блока данных до передачи и сверки ее после с вычисленной). Если использовать этот метод просто для контроля целостности хранимых данных,
то необходима специальная программа, которая периодически сверяла бы контрольные и текущие значения CRC.

как можно проверить файлы на целостность? все файлы на диске. достаточно ли для этого chkdsk

Нет, эта утилита проверяет целостность файлов с точки зрения целостности и функциональности самой файловой системы компьютера.
Таким образом, если было несанкционированное изменение (например , вследствие деятельности вирусов) содержимого файла, но файловая система работает штатно, то утилита бессильна.

Существуют следующие технологии контроля целостности файлов :

Для гарантирования целостности файлов могут употребиться такие технологии, как кэширования, электронно-цифровая подпись и отслеживания модификации файла за временем последнего изменения. Однако первые два метода есть слишком ресурсоемкими, чтобы использовать их для обеспечения целостности всех файлов компьютерной системы. Стандартная же реализация третьего метода слишком ненадежная - в последнее время много вредных программ стали менять временные метки на более ранние с целью сокрытия факта реального изменения файлов.

Цитирую по : http://ylet.com.ua/laboratoriya-kasperskogo-obespechivaet-tselostnost-dannykh.html

Таким образом по сути есть следующие методы контроля :

1. Хэширование, CRC. По сути это реализация функции на входе которой набор данных(аргумент, а именно - файл), а на выходе некоторое уникальное значение (числовое или символьное). И метод защиты и контроля - сверка этого значения.

2. Цифровая подпись. Очень похоже на первое . Но используются специальные методы шифрования. Для работы требуется так называемый ключ.

3. Контроль временных меток файлов .