Здравствуйте, Таисия!

Начнем по порядку. Из Вашего вопроса не понятно, какие правоустанавливающие документы имеются, и что вы не успели зарегистрировать, само право собственности или просто не успели зарегистри роваться в указанном жилом помещении, либо не успели узаконить перепланировку. Но в лоюбом случае, если согласно вступившему в законную силу решению суда право собственности на чать жилого помещения передано иному лицу, данное лицо вправе зарегистрироваться нга указанной жилой площади. Норм закона, регламентирующих это,множество (Так, в соответствии с ч. 2 ст. 288 ГК РФ гражданин - собственник жилого помещения может использовать его для личного проживания и проживания членов его семьи).
При этом не имеет значения, смежные комнаты, либо раздельные. В случае, если суд признал за иным лицом право собственности на долю в жилом помещении, то зарегистрирован он будет в квартире в целом, просто ему будет принадлежать лишь определенная ее часть. Для того, чтобы закрепить за собственником конкретные комнаты в жилом помещении необходим раздел жилого помещения в натуре (Хотя из Вашего вопроса вроде бы следует, что суд признал право собственности на конкретную комнату. В данном случае раздел не является необходимым). При регистрации указывается адрес квартиры в целом, и лишь в правоустанавливающих документах указано, какая именно часть квартиры принадлежит конкретно кому-либо).
Далее, если произведена перепланировка, в результате которой раздельные комнаты стали смежными, и эта перепланировка произведена с нарушением законодательства, то суд может по требованию заинтересованного лица обязать восстановить прежний вид жилого помещения. Если перепланировка была произведено в соответствии с законодательством, то возможно при определенных ситуациях узаконенипе такой перепланировки. Но достаточно подробно ответить на данный вопрос не представляется возможным, поскольку Вами не дано описание, каким образом была произведена перепланировка, какие документы при этом оформлялись, давалось ли соответствующее разрешение и т.д., какие "правоустанавливающие" документы имеются.