Здравствуйте, Василий Литвиненко!
По смыслу ст.10 ЖК РФ, жилищные правоотношения возникают, в том числе из договоров и иных сделок как предусмотренных федеральным законом, так и не предусмотренных федеральным законом, но не противоречащих ему. В Вашем случае – из договора коммерческого найма жилого помещения (ст. 671 ГК РФ), которым в силу п. 7 ст. 31 ЖК РФ определяется объем Ваших прав, обязанностей и ответственности.
Таким образом, договор с собственником помещения в коммунальной квартире является основанием для возникновения права проживания в указанном помещении.
Отсутствие регистрации по месту пребывания не может являться основанием для выселения. Если гражданин проживает без регистрации по месту пребывания, возможно лишь привлечение его к административной ответственности за совершение правонарушения, предусмотренного ст.19.15 Кодекса Российской Федерации об административных правонарушениях: проживание по месту жительства или по месту пребывания гражданина, обязанного иметь удостоверение личности гражданина (паспорт), без регистрации по месту пребывания или по месту жительства, что влечет наложение административного штрафа в размере от одной тысячи пятисот до двух тысяч пятисот рублей.
Вместе с тем, согласно п. 9 Правил регистрации и снятия граждан РФ с регистрационного учета по месту пребывания….утв. Постановлением Правительства РФ от 17.07.1995 N 713 граждане, прибывшие для временного проживания в жилых помещениях, не являющихся их местом жительства, на срок свыше 90 дней, обязаны по истечении указанного срока обратиться к должностным лицам, ответственным за регистрацию, и представить:
документ, удостоверяющий личность;
заявление установленной формы о регистрации по месту пребывания;
документ, являющийся основанием для временного проживания гражданина в указанном жилом помещении (договоры найма (поднайма), социального найма жилого помещения или заявление лица, предоставляющего гражданину жилое помещение).

Таким образом, Вы вправе проживать в указанном помещении до 90 дней без регистрации. Кроме того, для регистрации по месту пребывания, в Вашем случае достаточен договор найма жилого помещения без согласия собственника (его воля уже отражена в тексте договора), а тем более без согласия соседки.

Здравствуйте, Василий Литвиненко!
В данном случае, Вы попали в неприятную ситуацию, и закон не на Вашей стороне.
В соответствие с ч.1 ст.673 ГК объектом договора найма жилого помещения может быть изолированное жилое помещение, пригодное для постоянного проживания (квартира, жилой дом, часть квартиры или жилого дома).
В соответствие с ч.1 ст.16 ЖК к жилым помещениям относятся:
1) жилой дом, часть жилого дома;
2) квартира, часть квартиры;
3) комната.
Из вышесказанного следует, что хозяйка не вправе была сдавать Вам свою комнату в наём. ГК не предусматривает найма комнаты, как жилого помещения.
Это так же вытекает и из ст.41 ЖК. В соответствие с ч.1 данной статьи собственникам комнат в коммунальной квартире принадлежат на праве общей долевой собственности помещения в данной квартире, используемые для обслуживания более одной комнаты (далее - общее имущество в коммунальной квартире).
В соответствие с ч.1 ст.246 ГК распоряжение имуществом, находящимся в долевой собственности, осуществляется по соглашению всех ее участников.
То есть, предоставив Вам комнату, хозяйка тем самым без согласия всех остальных собственников квартиры предоставила Вам и право пользоваться общим имуществом квартиры, а это уже нарушение ГК.
Таким образом, Ваш договор найма противоречит действующему законодательству, а, следовательно, в силу ст.168 ГК - ничтожен, и эта соседка вправе обратиться в суд, и потребовать Вашего выселения.
У Вас два выхода, либо получить согласие соседки, и жить, фактически на «птичьих правах», либо, потребовать расторжения договора с хозяйкой и возмещения всего полученного ей по договору (ч.2 ст.167 ГК).