Как спец по 1С скажу, что 1С сама по себе не пытается менять разрешения, и не работает от имени других учетных записей.
В файлах .mxl лежат внешние шаблоны печатных форм, либо сохраненные пользователем печатные формы.
1С не могла добраться до этих файлов, и поэтому не использовала. Это могло проявляться в том, что при нажатии кнопки Печать в каком-либо документе печать не происходит, либо происходит печать из внутренних форм. Вполне возможно, что в этих Ваших файлах лежит мусор, давно забытый либо пользователем, либо разработчиком, и при копировании
файлов с другого компьютера скопировались права доступа NTFS.
Запустите 1С и Файл-Открыть посмотрите эти файлы.
Теперь об архивации. Если база DBF, то надежнее всего архивировать всю базу. Тогда, при откате к базе, восстанавливаются не только данные, но и локальные настройки
пользователя, сохраненные коммандой СохранитьЗначение, и журнал регистрации, и сохраненные данные внешних отчетов, а не только документы и проводки.
У меня на работе часто встречаются ситуации, что в журнале регистрации записано, что изменения в документе делал, например,18,09,06 Лена и 25,10,06 Алексей.
И приходилось искать копию базы в этом промежутке, чтобы увидеть, как выглядел документ после Лены и до Алексея. И вычислить, кто же из них внес фатальные изменения в документ. Тут копия штатными средствами 1С мало помогла бы, а полная копия помогала поболее.